MolDesign AI 1.0.0 / Desktop Edition / Windows

La estructura antes de la afirmación. Structure before the claim.

Una aplicación local-first para producir, organizar y comunicar evidencia estructural computacional en etapas tempranas de investigación molecular. A local-first desktop application for producing, organizing, and communicating computational structural evidence in early molecular research.

Qué instala la appWhat the app installs Aviso de privacidadPrivacy notice

Local-first · sin cuenta en este sitio · código fuente público con licencia PolyForm NoncommercialLocal-first · no account on this site · public source under PolyForm Noncommercial

Run output / 01

De hipótesis a evidenciaFrom hypothesis to evidence

LOCAL-FIRST

PreflightPreflightDetecta bloqueantes, ambigüedades y decisiones pendientes.Detects blockers, ambiguities, and unresolved decisions.

Docking localLocal dockingAutoDock Vina 1.2.7 produce poses bajo una configuración registrada.AutoDock Vina 1.2.7 produces poses under a recorded configuration.

DossierDossierConserva archivos, hashes, versiones, parámetros y advertencias.Keeps files, hashes, versions, parameters, and warnings.

La abstención también es salidaAbstention is also an output

Local-first

El flujo central funciona en el equipo.The core workflow runs on the device.

Sin FEPNo FEP engine

Prepara evidencia; no ejecuta energía libre.Prepares evidence; does not run free-energy calculations.

Límites explícitosExplicit limits

READY, REVIEW o BLOCKED tienen significado.READY, REVIEW, or BLOCKED carry meaning.

Sin analítica propiaNo first-party analytics

Las conexiones externas se identifican y autorizan.External connections are identified and authorized.

La app / Instalación y contenidoThe app / Install and contents

Lo mismo que instala, lo mismo que promete.What it installs is what it promises.

MolDesign AI 1.0.0 Desktop Edition para Windows 10/11 x64. El núcleo funciona sin red y sin cuenta; este sitio tampoco pide login ni backend.MolDesign AI 1.0.0 Desktop Edition for Windows 10/11 x64. The core runs offline with no account; this site also needs no login and no backend.

Qué instalaWhat it installs

Requisitos y distribución.Requirements and distribution.

Windows 10/11 x64 · 4 GB libres (instalación actual ~1.85 GiB) · 16 GB de RAM recomendados · WebView2.(current install ~1.85 GiB) · 16 GB RAM recommended · WebView2.
Distribución actual por Current distribution via GitHub Releases. La ficha de Microsoft Store se publica cuando esté activa; la disponibilidad depende del canal.. The Microsoft Store listing goes live when active; availability depends on the channel.
Sin firma Authenticode en el instalador actual: Windows mostrará SmartScreen. Verifica el No Authenticode signature on the current installer: Windows will show SmartScreen. Verify the SHA-256 del release antes de ejecutar. of the release before running.
Licencia License PolyForm Noncommercial 1.0.0: código fuente público, no open-source OSI. El uso comercial requiere acuerdo escrito aparte.: public source, not OSI open-source. Commercial use needs a separate written agreement.

Qué contieneWhat it contains

Las rutas reales de la interfaz.The real routes of the interface.

/evaluation · Casos y dockingCases and dockingCrea un caso, elige receptor del catálogo o estructura propia, declara ligandos, corre preflight y evalúa. Incluye batch en Create a case, pick a catalog receptor or your own structure, declare ligands, run preflight, and evaluate. Batch lives at /evaluation/batch.

/history · Historial y dossierHistory and dossierCada corrida conserva archivos, hashes, versiones, parámetros, advertencias y estado READY / REVIEW / BLOCKED.Each run keeps files, hashes, versions, parameters, warnings, and READY / REVIEW / BLOCKED status.

/moldex · BiotecaBioteca · /ciencia · RegistroRegistryMoléculas guardadas, catálogo curado de 380 receptores y registro experimental sellado de 151 artefactos.Saved molecules, the curated 380-receptor catalog, and the sealed 151-record experimental registry.

/comunidad · Opcional con redOptional onlineTargets compartidos; requiere conexión y no forma parte del camino crítico local.Shared targets; needs a connection and is not part of the local critical path.

ProtocoloPipeline	Estado publicablePublishable status
M4	Molécula pequeña, operativo como evidencia exploratoria; el modelo declara aplicabilidad limitada y se abstiene fuera de dominio.Small molecule, operational as exploratory evidence; the model declares limited applicability and abstains out of domain.
M5-Zn	Metaloenzimas: infraestructura operativa, ningún perfil positivo científicamente liberable.Metalloenzymes: working infrastructure, no scientifically releasable positive profile.
PéptidosPeptides	ESMFold (descarga opcional, 8.4 GB) pliega; Vina acopla. Transferencia verificada, ciencia no validada.ESMFold (optional 8.4 GB download) folds; Vina docks. Transfer verified, science not validated.

Ciencia abiertaOpen science

La evidencia también tiene contexto.Evidence needs context too.

Esta vista pública conserva la misma separación que la aplicación: experimentos, catálogo estructural y límites técnicos. Los números describen el estado del registro; no convierten una corrida en una promesa.This public view keeps the same separation as the application: experiments, structural catalog, and technical boundaries. The numbers describe the registry; they do not turn a run into a promise.

Registro experimental / selladoExperimental registry / sealed

Lo que se sostuvo y lo que se cayó.What held, and what fell.

151 registros · 64 escritos151 records · 64 written up

Cada registro conserva su hipótesis, su criterio de aceptación, la semilla, el entorno y los hashes, con los campos ausentes declarados como ausentes. Están separados por categoría a propósito: sumar un prerregistro a un hallazgo produciría una tasa de aciertos que no significa nada.Each record keeps its hypothesis, its acceptance criterion, the seed, the environment, and the hashes, with missing fields declared as missing. They are separated by category on purpose: adding a preregistration to a finding would produce a success rate that means nothing.

24HallazgosFindings

21RefutacionesRefutations

40MedicionesMeasurements

42PrerregistrosPreregistrations

11CorrigendaCorrigenda

13InconclusosInconclusive

Por qué no hay un porcentaje de éxitoWhy there is no success rate

Un prerregistro se sella antes de mirar los datos y no es un éxito. Una medición no tiene umbral que superar. Un corrigendum existe porque algo estaba mal. Las tres cuentan, y ninguna cuenta como acierto: la única cifra honesta es cada columna por separado.A preregistration is sealed before looking at the data and is not a success. A measurement has no threshold to clear. A corrigendum exists because something was wrong. All three count, and none counts as a hit: the only honest figure is each column on its own.

Catálogo estructural / snapshotStructural catalog / snapshot

380 receptores para inspeccionar.380 receptors to inspect.

Curado / no calibradoCurated / not calibrated

El catálogo contiene familias estructurales, organismos, cadenas, resoluciones y archivos PDB exactos. Está curado para preparar una corrida; no es una lista de receptores con rendimiento de ranking demostrado.The catalog contains structural families, organisms, chains, resolutions, and exact PDB files. It is curated to prepare a run; it is not a list of receptors with demonstrated ranking performance.

380entradas catalogadascatalog entries

380estructuras exactasexact structures

110sitios multi-cadenamulti-chain sites

1.05–3.90 Årango de resoluciónresolution range

Cargando el snapshot del catálogo…Loading catalog snapshot…

CATALOG / PDB

Selecciona una entrada.Select an entry.

La lista se puede buscar sin desplegar las 380 filas sobre la página.Search the list without stacking all 380 rows on the page.

Estado científico: curado estructuralmente. Ninguna entrada tiene una calibración por familia validada, así que el catálogo sirve para preparar una corrida y no promete rendimiento de ranking sobre ella.Scientific status: structurally curated. No entry carries a validated family calibration, so the catalog serves to prepare a run and promises no ranking performance on it.

271 de los sitios se definen sobre la evidencia de un ligando cocristalizado; los 109 restantes, a partir del volumen de la caja de búsqueda. Es el mismo catálogo que instala la aplicación.271 of the sites are defined from co-crystallised ligand evidence; the remaining 109 from search-box volume. It is the same catalog the application installs.

Runtime / arquitectura vigenteRuntime / current architecture

Local por diseño, explícito por contrato.Local by design, explicit by contract.

Windows desktopWindows desktop

La instalación une una interfaz estática, un servicio científico local y un conjunto de binarios y modelos con estados distintos. Cada pieza lleva el suyo: lo que se ejecuta en una corrida normal, lo que espera a que el usuario lo pida, lo que hay que descargar aparte y lo que no se ofrece en absoluto.The installation combines a static interface, a local scientific service, and a set of binaries and models with different statuses. Each piece carries its own: what runs in a normal evaluation, what waits for the user to ask, what has to be downloaded separately, and what is not offered at all.

Núcleo / CoreActivo / ActiveOpcional / OptionalBajo demanda / On demandPuerta / GateNo se ofrece / Not offered

Contenedor nativoNative container

La ventana, los procesos y la integridad de lo que se descarga.The window, the processes, and the integrity of what gets downloaded.

Tauri

NúcleoCore

Empaqueta la interfaz y los recursos locales como aplicación de escritorio.Packages the interface and local resources as a desktop application.

2.11.3

Rust

NúcleoCore

Supervisa el backend, las descargas y el ciclo de vida de cada subproceso.Supervises the backend, the downloads, and every subprocess lifecycle.

2021

WebView2

NúcleoCore

Motor web de Microsoft que dibuja la interfaz dentro de la ventana nativa.Microsoft's web engine, which draws the interface inside the native window.

Tokio

NúcleoCore

Entrada/salida asíncrona para descargas grandes sin bloquear la ventana.Asynchronous I/O for large downloads without blocking the window.

1.x

windows-sys

NúcleoCore

Job Object con cierre en cascada: al cerrar la app no queda ningún proceso huérfano.Job Object with cascading close: shutting the app down leaves no orphan process.

0.59

sha2 · serde

NúcleoCore

Verifica por SHA-256 cada módulo descargado y lee los contratos JSON del launcher.Verifies every downloaded module by SHA-256 and reads the launcher's JSON contracts.

MSIX · NSIS

NúcleoCore

Los dos formatos de distribución: paquete de Microsoft Store e instalador directo.The two distribution formats: a Microsoft Store package and a direct installer.

InterfazInterface

Se exporta como HTML estático; no hay servidor web en ninguna parte.Exported as static HTML; there is no web server anywhere.

Next.js

NúcleoCore

Rutas y export estático que consume el WebView local.Routing and the static export consumed by the local WebView.

16.3.4

React

NúcleoCore

Estado y composición de toda la interfaz científica.State and composition across the whole scientific interface.

19.2.8

TypeScript

NúcleoCore

Tipa el contrato con el backend: un campo que cambia rompe la compilación, no la corrida.Types the backend contract: a changed field breaks the build, not the run.

5.8.3

Tailwind CSS

NúcleoCore

Sistema visual compatible con la política de contenido del WebView.Visual system compatible with the WebView's content policy.

4.2.2

3Dmol.js

ActivoActive

Visor rápido de receptor, ligando y poses durante la evaluación.Fast viewer for receptor, ligand, and poses during evaluation.

2.5.4

Mol*

ActivoActive

Visor estructural avanzado para escenas macromoleculares y selecciones ricas.Advanced structural viewer for macromolecular scenes and richer selections.

5.9.0

Three.js · R3F

ActivoActive

Escenas 3D propias que los visores moleculares no cubren.Custom 3D scenes the molecular viewers do not cover.

0.185

Ketcher

ActivoActive

Editor químico 2D para dibujar o pegar una estructura y obtener su SMILES.2D chemical editor to draw or paste a structure and get its SMILES.

3.18

React Virtuoso

ActivoActive

Virtualiza cohortes y listas de resultados largas sin colapsar la ventana.Virtualises long cohorts and result lists without collapsing the window.

4.18.11

Framer Motion · Lucide

ActivoActive

Transiciones de estado e iconografía consistente.State transitions and consistent iconography.

13.2

Servicio localLocal service

Un API sobre loopback con su propio intérprete; el puerto se negocia.A loopback API with its own interpreter; the port is negotiated.

Python embebido

NúcleoCore

Intérprete propio: la aplicación no depende del Python que tenga la máquina.Its own interpreter: the application never depends on the machine's Python.

3.11

FastAPI

NúcleoCore

API local tipada para casos, evaluación, lotes, modelos e informes.Typed local API for cases, evaluation, batches, models, and reports.

0.135.2

Uvicorn

NúcleoCore

Servidor ASGI que el contenedor nativo arranca y vigila.The ASGI server the native container starts and watches.

0.42.0

Pydantic

NúcleoCore

Valida entradas y salidas, y hace explícitos los estados científicos.Validates inputs and outputs, and makes scientific states explicit.

2.12.5

HTTPX

ActivoActive

Cliente HTTP con tiempos límite para hablar con los sidecars locales.HTTP client with timeouts for talking to the local sidecars.

0.28.1

structlog

ActivoActive

Eventos estructurados: un fallo deja una traza legible, no una excepción suelta.Structured events: a failure leaves a readable trace, not a loose exception.

25.5.0

psutil

ActivoActive

Salud del runtime: memoria, procesos y diagnóstico del servicio.Runtime health: memory, processes, and service diagnostics.

7.2.2

Química estructuralStructural chemistry

El camino que va de un SMILES a una pose con su incertidumbre.The path from a SMILES to a pose with its uncertainty.

AutoDock Vina

NúcleoCore

Genera y puntúa las poses. Su afinidad es señal de ranking, no energía libre experimental.Generates and scores the poses. Its affinity is a ranking signal, not experimental free energy.

1.2.7

RDKit

NúcleoCore

Parseo y validación molecular, descriptores, fingerprints, conformeros y SMARTS.Molecular parsing and validation, descriptors, fingerprints, conformers, and SMARTS.

2025.9.6

Meeko

NúcleoCore

Prepara el PDBQT preservando la identidad química del ligando.Prepares the PDBQT while preserving the ligand's chemical identity.

0.7.1

Open Babel

ActivoActive

Programa independiente invocado por línea de comandos; recupera conectividad que no se reconstruye de forma fiable.An independent program invoked by command line; it recovers connectivity that cannot be reliably rebuilt.

3.1.0

Dimorphite-DL

ActivoActive

Enumera estados de protonación plausibles; no estima cuál predomina.Enumerates plausible protonation states; it does not estimate which predominates.

2.0.2

MDAnalysis

ActivoActive

Selección, coordenadas y análisis de complejos y poses.Selection, coordinates, and analysis of complexes and poses.

2.10.0

PoseBusters

ActivoActive

Controles físicos: choques, geometría y conectividad problemáticas.Physical controls: clashes, geometry, and problematic connectivity.

ProLIF

ActivoActive

Fingerprints de interacción proteína-ligando, interpretables y acotados.Protein-ligand interaction fingerprints, interpretable and bounded.

2.1.0

OpenMM

OpcionalOptional

Minimización y operaciones mecánicas explícitamente configuradas. No es dinámica molecular.Minimisation and explicitly configured mechanical operations. This is not molecular dynamics.

8.5.2

PDBFixer

OpcionalOptional

Reparaciones estructurales acotadas, y toda alteración queda registrada.Bounded structural repairs, with every alteration recorded.

1.12

Biopython

ActivoActive

Lectura y manipulación de secuencias y estructuras PDB.Reading and manipulation of sequences and PDB structures.

xTB / GFN2-xTB

OpcionalOptional

Cargas parciales y descriptores electrónicos cuando el protocolo los pide.Partial charges and electronic descriptors when the protocol asks for them.

Modelos y aprendizajeModels and learning

Interpretación, siempre en columna propia y con dominio declarado.Interpretation, always in its own column and with a declared domain.

PyTorch

ActivoActive

Inferencia neuronal en el runtime distribuido. La build es CPU: no se promete CUDA.Neural inference in the distributed runtime. The build is CPU: CUDA is not promised.

2.13.0+cpu

XGBoost

ActivoActive

Regresión pKi y selección de pose sobre características persistidas.pKi regression and pose selection over persisted features.

3.2.0

scikit-learn

ActivoActive

Preprocesamiento, calibración y métricas de evaluación.Preprocessing, calibration, and evaluation metrics.

1.8.0

SHAP

ActivoActive

Explica el XGBoost que realmente se ejecutó. Explicar no valida el modelo.Explains the XGBoost that actually ran. Explaining does not validate the model.

0.51.0

NumPy · SciPy

NúcleoCore

Arrays, álgebra, estadística y geometría en todo el backend.Arrays, algebra, statistics, and geometry throughout the backend.

2.4.4 · 1.17.1

pandas

ActivoActive

Tablas y transformaciones reproducibles para lotes e informes.Reproducible tables and transformations for batches and reports.

3.0.2

PyTorch Geometric

ActivoActive

Representación de grafos moleculares para el reescalado neuronal.Molecular graph representation for neural rescoring.

ADMET-AI · Chemprop

ActivoActive

Señales predictivas ADMET, etiquetadas como modelo y nunca como medición clínica.Predictive ADMET signals, labelled as a model and never as a clinical measurement.

2.0.1 · 2.2.4

Transformers

Bajo demandaOn demand

Carga local de ESMFold en su propio servicio; sólo si se descargan los pesos.Local ESMFold loading in its own service; only if the weights are downloaded.

4.52.0

ESMFold v1

Bajo demandaOn demand

Pliega el péptido y transfiere sus coordenadas al grafo químico. Si la geometría no valida, la corrida se abstiene.Folds the peptide and transfers its coordinates to the chemical graph. If the geometry does not validate, the run abstains.

8.44 GB

llama.cpp · Qwen2.5 1.5B

Bajo demandaOn demand

Modelo de lenguaje local para el asistente, servido como subproceso propio.A local language model for the assistant, served as its own subprocess.

1.12 GB

Evidencia y persistenciaEvidence and persistence

Lo que hace transferible una corrida a una máquina que no es ésta.What makes a run transferable to a machine that is not this one.

SQLite

NúcleoCore

Base local de casos, corridas y estados. No necesita ningún servicio.Local database of cases, runs, and states. It needs no service at all.

SQLAlchemy

NúcleoCore

ORM y transacciones sobre el espacio de trabajo del usuario.ORM and transactions over the user's workspace.

2.0.49

atomicwrites

NúcleoCore

Reemplazo atómico del archivo de caso: nunca queda un expediente a medias.Atomic replacement of the case file: a case is never left half-written.

ReportLab

ActivoActive

Render reproducible del dossier y del certificado en PDF.Reproducible rendering of the dossier and certificate as PDF.

4.2.0

Matplotlib

ActivoActive

Gráficas científicas con su procedencia y sus unidades a la vista.Scientific charts with their provenance and units on display.

3.11.0

Pillow

ActivoActive

Rasterización y composición de las imágenes del informe.Rasterisation and composition of the report's images.

12.2.0

SHA-256 · JSON · ZIP

NúcleoCore

Identidad de bytes, contratos legibles y paquete transferible. Evidencia verificable, no «inmutable».Byte identity, readable contracts, and a transferable package. Verifiable evidence, not «immutable».

openpyxl

ActivoActive

Lectura y escritura de XLSX para cohortes y lotes.Reading and writing XLSX for cohorts and batches.

3.1.5

Puertas de construcciónBuild gates

No viajan en el producto: deciden si el producto puede salir.They do not ship with the product: they decide whether it may ship.

pytest · pytest-asyncio

PuertaGate

Contratos unitarios, integración, corridas doradas y abstenciones del backend.Unit contracts, integration, golden runs, and backend abstentions.

Vitest · Testing Library

PuertaGate

Comportamiento de componentes y contrato cliente del frontend.Component behaviour and the frontend's client contract.

5.0 · 16.3

Playwright

PuertaGate

Flujos de usuario y accesibilidad sobre la build real.User flows and accessibility over the real build.

1.62

Corridas doradas

PuertaGate

Comparan lo que produce el runtime embebido con lo que produce el código. Una diferencia exige explicación.They compare what the embedded runtime produces against what the code produces. A difference demands an explanation.

Smoke de producción

PuertaGate

Prueba el export, la política de contenido, el puerto negociado y el backend empaquetado.Tests the export, the content policy, the negotiated port, and the packaged backend.

VM limpia

PuertaGate

Detecta dependencias accidentales de la máquina de desarrollo. Verde aquí no es verde.Catches accidental dependencies on the development machine. Green here is not green.

SBOM

PuertaGate

Inventario y revisión de licencias de todo lo que se distribuye.Inventory and licence review of everything distributed.

Red, siempre opcionalNetwork, always optional

Nada de esto hace falta para evaluar. Cada uno exige una acción explícita.None of this is needed to evaluate. Each one requires an explicit action.

Hugging Face Hub

OpcionalOptional

Descarga los modelos pesados por revisión fija y hash comprobado.Downloads the heavy models by pinned revision and checked hash.

0.36.2

RCSB PDB · PubChem · ChEMBL · UniProt

OpcionalOptional

Consultas de estructuras, compuestos y secuencias cuando el usuario las pide.Structure, compound, and sequence queries when the user asks for them.

Proveedores de IA en la nube

OpcionalOptional

El asistente puede usar un proveedor remoto sólo si el usuario configura y autoriza ese destino concreto.The assistant may use a remote provider only if the user configures and authorises that specific destination.

Actualizador

OpcionalOptional

Comprueba si hay una versión nueva del contenedor.Checks whether a new version of the container exists.

Solana web3.js

OpcionalOptional

Prueba de concepto para anclar o comprobar un hash. No es notarización ni validez científica.A proof of concept for anchoring or checking a hash. It is not notarisation nor scientific validity.

devnet

Declarado ausenteDeclared absent

Aparece aquí para que nadie lo suponga presente. No se ofrece y no se ejecuta.Listed here so nobody assumes it is present. Not offered, not executed.

QuickVina 2 · DiffDock

No se ofreceNot offered

Motores de docking alternativos. El instalador no trae sus binarios ni su servicio.Alternative docking engines. The installer ships neither their binaries nor their service.

ColabFold · ESMFold Pro

No se ofreceNot offered

Servicios externos de plegamiento. Requieren infraestructura que este producto no incluye.External folding services. They require infrastructure this product does not include.

RFdiffusion

No se ofreceNot offered

Diseño generativo de estructuras. No forma parte del runtime.Generative structure design. Not part of the runtime.

DGL · torch-scatter · torch-sparse

No se ofreceNot offered

Extensiones de grafos que el intérprete embebido no puede cargar.Graph extensions the embedded interpreter cannot load.

GNN-D

No se ofreceNot offered

Componente que un perfil de metaloenzimas exige y que no tiene productor. La salida correcta es abstenerse.A component one metalloenzyme profile requires and that has no producer. The correct output is to abstain.

FEP+ · OpenFE · dinámica molecular

No se ofreceNot offered

MolDesign no ejecuta energía libre ni MD, y no está certificado por ningún proveedor de FEP.MolDesign runs neither free energy nor MD, and is not certified by any FEP vendor.

Regla de lectura:Reading rule: que una dependencia viaje dentro del instalador no la convierte en un motor ofrecido. Esta lista tiene 73 entradas y el último grupo existe justamente para eso: nombrar lo que no está, para que nadie lo dé por supuesto.a dependency shipping inside the installer does not make it an offered engine. This list has 73 entries, and the last group exists precisely for that: to name what is absent, so nobody assumes otherwise.

01 / Contrato del producto01 / Product contract

El producto es la cadena de decisiones.The product is the chain of decisions.

Un score aislado no se transfiere. MolDesign conserva el sistema que lo produjo: receptor, ligandos, estados químicos, poses, correspondencias, controles, decisiones y procedencia.An isolated score does not transfer. MolDesign keeps the system that produced it: receptor, ligands, chemical states, poses, mappings, controls, decisions, and provenance.

Lo que sí haceWhat it does

Hace visibles los supuestos.Makes assumptions visible.

Prepara estructuras y ligandos antes de ejecutar.Prepares structures and ligands before running.
Ejecuta docking local con una configuración reproducible.Runs local docking with a reproducible configuration.
Registra advertencias, controles y decisiones alternativas.Records warnings, controls, and alternative decisions.
Organiza un dossier que otro equipo puede reconstruir.Organizes a dossier another team can reconstruct.

Lo que no afirmaWhat it does not claim

No convierte un número en certeza.Does not turn a number into certainty.

Docking no demuestra unión, eficacia ni seguridad.Docking does not prove binding, efficacy, or safety.
Un score no es una probabilidad de éxito experimental.A score is not a probability of experimental success.
MolDesign no ejecuta FEP, dinámica molecular ni validación clínica.MolDesign does not run FEP, molecular dynamics, or clinical validation.
La decisión final corresponde al laboratorio y sus controles.The final decision belongs to the laboratory and its controls.

02 / Flujo de evidencia02 / Evidence flow

Cada corrida deja una traza.Every run leaves a trace.

El flujo está pensado para la frontera entre una hipótesis estructural y el cálculo costoso que vendrá después. La aplicación puede bloquearse antes de producir un archivo si la evidencia no es suficiente.The workflow is designed for the boundary between a structural hypothesis and the expensive calculation that comes next. The application can block before producing a file when the evidence is insufficient.

PreflightPreflight

Revisa identidad, cadenas, huecos, metales, aguas, protonación, tautomería, estereoquímica y pose inicial.Reviews identity, chains, gaps, metals, waters, protonation, tautomerism, stereochemistry, and starting pose.

INPUT / STRUCTURE + CONTEXT

EvaluateEvaluate

Ejecuta AutoDock Vina y conserva las condiciones que hacen interpretable la comparación entre ligandos.Runs AutoDock Vina and preserves the conditions that make ligand comparisons interpretable.

ENGINE / VINA 1.2.7

TransferTransfer

Entrega un paquete con poses, archivos, hashes, versiones, advertencias y una lectura explícita de la incertidumbre.Delivers a package with poses, files, hashes, versions, warnings, and an explicit account of uncertainty.

OUTPUT / REPRODUCIBLE DOSSIER

03 / Frontera del runtime03 / Runtime boundary

Sólo prometemos lo que esta instalación ejecuta.We promise only what this build runs.

La edición de escritorio distingue entre herramientas incluidas, descargas opcionales y destinos que no forman parte del motor local. Esa frontera pertenece a la procedencia del dossier.The Desktop Edition distinguishes included tools, optional downloads, and destinations that are not part of the local engine. That boundary is part of dossier provenance.

IncluidoIncluded: AutoDock Vina 1.2.7 para docking local.for local docking.
OpcionalOptional: ESMFold descargable para aportar estructuras de péptidos; el acoplamiento posterior lo hace Vina.downloadable to provide peptide structures; subsequent docking is performed by Vina.
ExternoExternal: Hugging Face, fuentes científicas, proveedores de IA y Solana devnet sólo cuando el usuario activa la integración.only when the user activates the integration.
Fuera de alcanceOut of scope: FEP+, OpenFE, dinámica molecular y certificación científica.molecular dynamics, and scientific certification.
LicenciaLicense: PolyForm Noncommercial 1.0.0 : fuente pública, no open-source OSI; comercial con acuerdo aparte. Sin afiliación ni certificación de Microsoft, Schrödinger, AutoDock, RCSB, Meta o Prior Labs.: public source, not OSI open-source; commercial use under separate agreement. No affiliation with or certification by Microsoft, Schrödinger, AutoDock, RCSB, Meta, or Prior Labs.

Hoja de ruta / Trabajo declaradoRoadmap / Declared work

Primero, ser FEP-ready de verdad.First, actually become FEP-ready.

MolDesign no ejecuta FEP. El trabajo declarado es preparar y auditar el sistema que consumirá un cálculo externo, y demostrar que un tercero puede reconstruirlo. Horizontes del roadmap vigente: 12–18 meses el conjunto; ~3 meses el 80% del valor.MolDesign does not run FEP. The declared work is preparing and auditing the system an external calculation will consume, and proving a third party can rebuild it. Current roadmap horizons: 12–18 months for the full set; ~3 months for 80% of the value.

Declarar tautómerosDeclare tautomers

FEP-01 está en 19% (39/203): 164 ligandos con tautómero ambiguo y ninguno declarado. Declararlos sube a más del 80%. Para Vina apenas importa; para FEP+ define donadores y aceptores.FEP-01 stands at 19% (39/203): 164 ligands with ambiguous tautomer, none declared. Declaring them passes 80%. Barely matters for Vina; decisive for FEP+ donor/acceptor assignment.

FEP-01 / H2-1

Documentar receptoresDocument receptors

FEP-02 está en 41% (83/203): huecos de cadena, sitios repartidos, metales y una mediana de 10 aguas sin documentar. Después, reconstruir la cohorte congenérica: pocas dianas con muchos análogos.FEP-02 stands at 41% (83/203): chain gaps, split sites, metals, and a median of 10 undocumented waters. Then rebuild the congeneric cohort: few targets with many analogs.

FEP-02 · FEP-03 / H2-2–3

Transferencia demostrableDemonstrable transfer

FEP-05: export reproducible con hashes, versiones, caja, semillas y advertencias. FEP-06: un tercero reconstruye el paquete sin conocer la sesión. Si FEP-06 falla, se convierte en la única prioridad.FEP-05: reproducible export with hashes, versions, box, seeds, and warnings. FEP-06: a third party rebuilds the package without knowing the session. If FEP-06 fails, it becomes the only priority.

FEP-05 · FEP-06

Dirección, no producto: un IDE abierto para evidencia estructural.Direction, not product: an open IDE for structural evidence.

El camino FEP-ready es el mismo que lleva a una herramienta extensible de descubrimiento temprano: casos, preflight, docking auditable, dossier transferible y registro de negativos. Esa es la dirección de diseño. Hoy el producto es una app desktop de evidencia con fuente pública bajo PolyForm Noncommercial; cualquier cambio futuro de licencia, gobernanza o alcance se decidirá y publicará explícitamente, con CLA y avisos de terceros. Sin promesa de fecha y sin pedir al revisor que certifique lo que aún no existe.The FEP-ready path is the same one toward an extensible early-discovery tool: cases, preflight, auditable docking, a transferable dossier, and a record of negatives. That is the design direction. Today the product is a desktop evidence app with public source under PolyForm Noncommercial; any future change to license, governance, or scope will be decided and published explicitly, with CLA and third-party notices. No date promised, and no ask for the reviewer to certify what does not exist yet.

04 / Privacidad04 / Privacy

Tus casos permanecen en tu equipo, salvo que actives una integración externa.Your cases stay on your device unless you activate an external integration.

La política explica qué se almacena localmente, qué puede salir hacia terceros, cómo funciona MolChat y cómo contactar al responsable.The policy explains what is stored locally, what may be sent to third parties, how MolChat works, and how to contact the controller.

Leer el avisoRead the notice

MolDesign / Desktop EditionMolDesign / Desktop Edition

Preparar mejor el siguiente cálculo.Prepare the next calculation better.

MolDesign está preparado para equipos que necesitan transferir decisiones estructurales, no sólo enviar un score.MolDesign is built for teams that need to transfer structural decisions, not just send a score.

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